祖至元十四年（1277），當元軍取得浙、閩等地后，元朝政府就沿襲南宋制度，在泉州、慶元（浙江寧波）、上海、澉浦四地，設立市舶司，招降并重用原南宋主管泉州市舶的官員蒲壽庚。至元十五年八月，忽必烈命福建行省向外國商船宣布：“其往來互市，各從所欲。”由于政府的積極提倡，海外貿易在改朝換代之際，不但沒有受到影響，而且有所發展。

有元一代，經由中央政府先后指定開放的對外貿易港口，最多時有泉州、慶元、廣州、上海、澉浦、溫州、杭州等七處，但興廢不常。到元末，僅有泉州、廣州、慶元三處。在這些港口，元朝政府設置市舶提舉司（簡稱市舶司），管理市舶即海外貿易事宜。最初，市舶司由中央政府指定有關行省的高級官員負責。后來，一度與鹽運司合并，成立都轉運司。不久，又將二者分開，以市舶司隸泉府司（院）和致用院。最后，改隸行省。