1964年6月，廣州市員村工人門診部成立。
1965年6月，廣州市員村工人醫院正式成立。
1969年，醫院收歸市政府所有，更名為廣州市第六人民醫院。
1973年，復名為廣州市員村工人醫院。
1984年，定名為廣州市第六人民醫院。
2007年，醫院建制移交中山大學，成為中山大學八大直屬附屬醫院之一，命名為中山大學附屬第六醫院，又名中山大學附屬胃腸肛門醫院，簡稱中山六院。
2011年6月24日和9月14日，廣州市衛生局和廣東省衛生廳先后同意，將中山六院納入新一輪區域衛生規劃，并按三級醫院設置。
2012年6月6日，值醫院掛牌五周年之際，14萬平方米的醫院綜合大樓正式啟用，配置床位1200張，更配備當前最高端的、唯一能實現真正動態容積的640層CT，標志著醫院真正邁入國內先進醫療行列，這也成為醫院新的發展契機。
從地鐵市橋站乘坐地鐵三號線(番禺廣場-天河客運站)（坐9站）到地鐵體育西路站轉乘地鐵三號線(體育西-機場南)（坐2站）、地鐵一號線（坐2站）到地鐵廣州東站J出入口下
走約190米到瘦狗嶺路17號
1號。根據查詢百度地圖顯示。
1、首先在廣州東站乘坐地鐵1號線，經過三站到達揚箕站。
2、其次向前走191米到達楊箕站，乘坐地鐵5號線經過5站到達員村站。
3、最后向東走385米到達中山大學附屬第六醫院。